Clinically Actionable Insights into Initial and Matched Recurrent Glioblastomas to Inform Novel Treatment Approaches

Table 3

Comparison of genes with SNVs identified in IDH-wildtype and IDH-mutant initial and recurrent tumours in the GBM cohort with those outlined by Barthel et al. [8], described for the five phases of gliomagenesis.

Gliomagenesis phases	Pathway	Common tumour genetic alterations (Barthel et al.)	IDH wildtype				IDH-mutant
			Barthel et al.	GB-initial	GB-recurrent	GB-potentially pathogenic VUS	Barthel et al.	GB-initial	GB-recurrent	GB-potentially pathogenic VUS	Diagnostic panel (Y/N)
I: initial growth	IDH		—	IDH1	—	Y	IDH1	IDH1	—	Y	Y
	IDH		—	IDH2	—		IDH2	—	—		Y
	Rb		CDK6	CDK6	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		EGFR	EGFR	EGFR	Y	—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		MET	MET	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		PDGFRA	PDGFRA	—		PDGFRA	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		PIK3CA	PIK3CA	—	Y	—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		PIK3R1	PIK3R1	—	Y	—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		PTEN	PTEN	PTEN	Y	—	—	—		Y
	WNT		TERT	TERT	TERT		—	—	—		Y
			NF1	—	—		—	—	—		Y
							CTCF				N
			TET1								N
II: oncogene-induced senescence	p53	TP53	TP53	TP53	—	Y	TP53	TP53	—	Y	Y
	p53	CDKN2A	CDKN2A	CDKN2A	—		—	—	—		Y
	p53		PPM1D	PPM1D	—	Y	—	—	—		Y
	Rb	RB1		RB1	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K	BRAF		BRAF	—	Y	—	—	—		Y
		CDKN2B	CDKN2B	—	—		—	—	—		Y
			ACVR1	—	—		—	—	—		Y
III: stressed growth	p53	ATM		ATM	ATM	Y	—	—			Y
	p53	ATR		ATR	—	Y	—	—	—		Y
		MYC		—	—		—	—	—		Y
		CDK4		—	—		—	—	—		Y
		MDM2		—	—		—	—	—		Y
IV: replicative senescence/crisis		CHD5									N
		TREX1									N
							Terra				N
		RB1	—	RB1	—		—	—	—		Y
	WNT	TERT	TERT	TERT	TERT		—	—	—		Y
	p53	TP53	TP53	TP53	—	Y	TP53	TP53	—	Y	Y
			ATRX	-	—		ATRX	—	—		Y
			—	DAXX	—	Y	DAXX	—	—		Y
V: immortalisation and dedifferentiation		OLIG2									N
		SOX2									N
GB-SNVs	G-proteins		—	GNAS	GNAS		—	—	GNAS		Y
	NOTCH		—	NOTCH1	—		—	—	—		Y
	NOTCH		—	NOTCH2	—		—	—	—		Y
	p53		—	BRCA1	BRCA1	Y	—	—	—		Y
	p53		—	BRCA2	BRCA2		—	BRCA2	—		Y
	p53		—	BRPF3	—		—	—	—		Y
	p53		—	MDM4	—		—	—	—		Y
	p53		—	MSH2	—		—	MSH2	—		Y
	p53		—	MSH6	—	Y	—	MSH6	—	Y	Y
	p53		—	RAD50	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	ALK	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	CDH1	—		—	CDH1	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	CSF1R	CSF1R		—	CSF1R	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	FGFR2	—	Y	—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	FGFR3	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	FGFR4	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	FOXO3	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	JAK2	—	Y	—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	KDR	KDR		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	KLK1	—		—	KLK1	—	Y	Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	LZTR1	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	MYB	—	Y	—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	NTRK2	—		—	—	—		Y
	RTK/Ras/PI(3)K		—	TSC2	—	Y	—	TSC2	—	Y	Y
	SHH		—	PTCH1	—	Y	—	—	—		Y
	SHH		—	PTCH2	—		—	—	—		Y
	SHH		—	SMO	—	Y	—	—	—		Y
	WNT		—	APC	—		—	APC	—		Y
	WNT		—	CREBBP	—	Y	—	CREBBP	—	Y	Y
	WNT		—	DICER1	—		—	—	—		Y
	WNT		—	KLF4	—		—	—	—		Y
	WNT		—	KMT2D	—		—	—	—		Y
Risk mutations related to heritable diseases (Barthel et al. [8])		TERC									N
		OBFC1									N
		POT1									N
		RTEL1									N
		TERT	TERT	TERT	TERT		—	—	—		Y
		TP53	TP53	TP53	—	Y	TP53	TP53	—	Y	Y
		NF1	—	—	—		—	—	—		Y
		NF2	—	—	—		—	—	—		Y
		CHK2 (CHEK2)	—	CHEK2	—	Y	—	—	—		Y

Also included is a list of risk mutations related to heritable diseases. Genes identified with VUS that were possibly pathogenic in the GBM cohort are highlighted in bold.